Segunda generación
- Illumina MiSeq: capacidad máxima de longitud de secuencias 2x300bp, salida total hasta 15GigaBases. Ideal para amplicones cortos o para anaĺisis de re-secuenciación.
- Illumina NextSeq500: capacidad máxima de longitud de secuencias 2×150, salida total hasta 120GigaBases. Ideal para amplicones cortos o para anaĺisis de re-secuenciación.
- Illumina NextSeq2000: capacidad máxima de longitud de secuencias 2×300, salida total hasta 360GigaBases. Ideal para análisis de (meta)genómicos y (meta)transcriptómicos, amplicones cortos o para análisis de resecuenciación.
Tercera generación
- Oxford Nanopore MinIon: capacidad máxima secuencias largas (hasta 100Kb), salida total hasta 30GigaBases. Ideal para análisis genómicos/metagenómicos donde la portabilidad o la velocidad en la obtención de los resultados es un factor importante.
- PacBio VEGA (novedad): 50-60Gb de output por carrera con una calidad superior a Q35 y con lecturas que pueden llegar hasta 15-20Kb. Ideal para genomas completos en búsqueda de factores de resistencia, virulencia o nuevas características genómicas o para amplicones largos como, por ejemplo, el gen ribosomal 16S, alcanzando una profundad de anotación taxonómica hasta el nivel de especies o de cepa.

