El Biobanc IBSP-CV compta amb un espai disponible d'aproximadament 450 m² distribuïts en sis zones principals:
- Sala d'Extraccions: amb una amplitud de 25m² compta amb el material i equipament suficient per a les extraccions (fora de quiròfan) de mostres biològiques que es requerixen en el biobanc (sang perifèrica, saliva...).
- Laboratori de Recepció i Processament de Mostres: En ell es duen a terme la recepció de mostres (sang, orina, teixits...), la separació dels components de la sang i l'extracció d'àcids nucleics a partir de sang, saliva i teixits.
- Laboratori de Biologia Molecular: Una vegada realitzada l'extracció dels àcids nucleics, en este laboratori es verifica la puresa i la integritat obtingudes durant l'extracció. En este laboratori també es realitzen les proves de control de traçabilitat de les mostres en el biobanc, basades en la realització d'estudis de perfil genètic.
- Laboratori de Processament Final: Amb la finalitat d'oferir als investigadors mostres d'ADN d'alta qualitat, en este laboratori es duu a terme la normalització de les mostres d'ADN. Este laboratori disposa d'una àrea reservada per a la preparació de les reaccions d'amplificació d'àcids nucleics i d'una àrea específica per al alicuotat de les mostres processades en el biobanc (ADN, ARN, plasma, sèrum, orina...).
- Laboratori de Cultius Cel·lulars: Dissenyat per a dur a terme la purificació i inmortalització (mitjançant infecció amb el virus de Epstein-Barr) de limfòcits i obtindre, d'esta manera, un reservori d'ADN de les mostres pertanyents a determinades mostres de les col·leccions del biobanc.
- Zona d'Emmagatzematge de mostres: El biobanc disposa d'una zona d'emmagatzematge d'aproximadament 250 m² dividida en dos sales:
- Sala principal: disposa d'una capacitat per a albergar fins a 35 congeladors de 800 L. En l'actualitat compta amb quatre ultracongeladors de -85 °C i amb un tercer ultracongelador que funciona com back-up. Cada congelador disposa d'un sistema d'alarma de temperatures i corrent elèctric, i d'un sistema de seguretat de subministrament de CO₂. Estos equips estan monitorats 24 hores del dia, 365 dies a l'any, a través d'un sistema sense fil informatitzat de registre de dades i gestió d'alarmes del biobanc. Esta sala compta amb un Sistema d'Alimentació Ininterrompuda (SAI) que proporciona energia elèctrica en cas d'apagada i millora la seua qualitat, filtrant pujades i baixades de tensió.
- Sala de crioconservació: Dissenyada per a l'emmagatzematge de les línies cel·lulars obtingudes en el Laboratori de Cultius, compta amb un tanc de N₂. A més, està dotada amb dos sensors de detecció d'oxigen situats entre el primer i el segon terç de la sala a una altura de 150 cm del sòl. Les quals s'encarreguen de transmetre el senyal del % d'oxigen en l'aire d'esta. Es pot llegir en el display dels sensors el % d'oxigen actual, el qual normalment ha de ser pròxim al 21%.