Per al desenvolupament dels seus processos de gestió, Fisabio compta actualment amb els següents certificats i acreditacions de qualitat:
Certificat ISO 9001:2015 per a Sistemes de Gestió de Qualitat
Gestió de projectes d'investigació, estudis clínics en totes les seues fases (planificació, execució i seguiment), coordinació de serveis de suport a la investigació i gestió administrativa d'accions formatives en el camp sanitari i de la biomedicina.
Certificat UNE166002:2021 per a Sistemes de Gestió d’R+D+i
Gestió del desenvolupament de projectes de R+D+i en l'àmbit sanitari i de la biomedicina.
Acreditació de l'estratègia de RH per a la investigació
Segell de qualitat HR Excellence in Research, reconeixement atorgat a Fisabio per la Comissió Europea en l'anualitat 2019. Aquesta "Estratègia de Recursos Humans per a Investigadors/as" elaborada per la Comissió Europea, HRS4R, és una eina per a la implementació de les recomanacions relatives als drets i responsabilitats dels investigadors/as i els seus ocupadors/as i/o finançadors, llistades en "La Carta Europea de l'Investigador" i el "Codi de Conducta per a la Contractació d'Investigadors" (C&C).