Para el desarrollo de sus procesos de gestión, Fisabio cuenta actualmente con los siguientes certificados y acreditaciones de calidad:
Certificado ISO 9001:2015 para Sistemas de Gestión de Calidad
Gestión de proyectos de investigación, estudios clínicos en todas sus fases (planificación, ejecución y seguimiento) y gestión administrativa de acciones formativas en el campo de la biomedicina.
Certificado UNE166002:2021 para Sistemas de Gestión de I+D+i
Gestión del desarrollo de proyectos de I+D+i en el ámbito de la biomedicina.
Acreditación de la estrategia de RRHH para la investigación
Sello de calidad HR Excellence in Research, reconocimiento otorgado a Fisabio por la Comisión Europea en la anualidad 2019. Esta "Estrategia de Recursos Humanos para Investigadores/as" elaborada por la Comisión Europea, HRS4R, es una herramienta para la implementación de las recomendaciones relativas a los derechos y responsabilidades de los investigadores/as y sus empleadores/as y/o financiadores, listadas en "La Carta Europea del Investigador" y el "Código de Conducta para la Contratación de Investigadores" (C&C).