Fechas: 17 de junio - 21 de junio de 2024
Coordinador: Fernando González-Candelas (fernando.gonzalez@uv.es)
Este curso se dirige a estudiantes graduados, profesionales y practicantes de la biología, la investigación biomédica y ciencias de la salud y, muy especialmente, a profesionales en el ámbito de la Microbiología Clínica. Se asume cierta familiaridad con la biología molecular y la microbiología y, aunque no es imprescindible, con la evolución molecular y la filogenética. En el curso se introducen los conceptos y métodos bioinformáticos y de laboratorio aplicados a la caracterización genómica de microorganismos infecciosos, especialmente bacterias.
Nos centraremos en los métodos y técnicas de secuenciación masiva (HTS, del inglés High Throughput Sequencing) y en su aplicación a problemas clínicos y epidemiológicos.
El curso consistirá en clases teóricas y sesiones prácticas interactivas, con un énfasis en los conceptos básicos y sus aplicaciones.
Lenguaje: castellano
Precio del módulo: 350 euros
Profesorado
-
Fernando González-Candelas
-
Leonor Sánchez Busó
-
Álvaro Chiner Oms
-
Irving Cancino
-
Carlos Valiente Mullor
-
Andrea Sánchez Serrano
-
Lidia Ruiz Roldán
-
Carlos Francés
Programa del módulo
Lunes, 17 de junio: Introducción a las técnicas de secuenciación masiva y la epidemiología molecular
09:00h - 10:00h Bienvenida e introducción a las aplicaciones de la HTS. Epidemiología molecular. FGC.
10:00h - 11:00h Introducción a las técnicas HTS: Aplicaciones, metodologías y criterios. LRR.
Descanso
11:30h - 14:30h Sesión práctica: Introducción a las máquinas virtuales y la Bioinformática. ACO, CVM.
Martes, 18 de junio: Caracterización preliminar de aislados
09:00h - 11:00h. Ficheros de lecturas de HTS. Calidad, filtrado e identificación de genes. IC.
Descanso
11:30h - 14:30h Sesión práctica: Manejo de ficheros de lecturas. Calidad, filtrado y análisis. IC, ACO.
Miércoles, 19 de junio: Mapeo, análisis de variantes y comparación entre aislados
09:00h - 11:00h Mapeo: búsqueda de referencia y mapeo. CVM.
Descanso
11:30h - 14:30h Sesión práctica: Mapeo y variantes. Filtrado y alineamiento múltiple. CVM, ASS.
Jueves, 20 de junio: Caracterización detallada de aislados. Análisis de ensamblados mediante plataformas Web
09:00h - 11:00h Ensamblado, anotación y core genómico. Plataformas web de análisis. LSB.
Descanso
11:30h - 14:30h Sesión práctica: Ensamblado de lecturas, anotación, uso de herramientas Web. ASS, CFC.
Viernes, 21 de junio: Estudio de brotes mediante árboles filogenéticos
09:00h - 11:00h Fundamentos de reconstrucción filogenética. Estudio de brotes. FGC.
Descanso
11:30h - 14:30h Sesión práctica: Árboles filogenéticos. Interpretación en el estudio de brotes. CFC, CVM.