![]() ![]() ![]() |
|
SUMMER SCHOOL - Module 3 |
| Fechas: 3 de Julio- 7 de Julio de 2023 Coordinador: Fernando González-Candelas (fernando.gonzalez@uv.es) Este curso se dirige a estudiantes graduados, profesionales y practicantes de la biología, la investigación biomédica y ciencias de la salud y, muy especialmente, a profesionales en el ámbito de la Microbiología Clínica. Se asume cierta familiaridad con la biología molecular y la microbiología y, aunque no es imprescindible, con la evolución molecular y la filogenética. En el curso se introducen los conceptos y métodos bioinformáticos y de laboratorio aplicados a la caracterización genómica de microorganismos infecciosos, especialmente bacterias. Nos centraremos en los métodos y técnicas de secuenciación masiva (HTS, del inglés High Throughput Sequencing) y en su aplicación a problemas clínicos y epidemiológicos. El curso consistirá en clases teóricas y sesiones prácticas interactivas, con un énfasis en los conceptos básicos y sus aplicaciones. En esta edición, el curso se desarrollará de forma completamente híbrida, presencial en la sede de FISABIO-Salud Pública (Av. Cataluña, 21-Valencia), y telemática, a través de la plataforma Microsoft Teams. Es posible que los asistentes analicen sus propios datos, siempre que el volumen de los mismos lo permita con los recursos computacionales disponibles. Lenguaje: castellano. Precio del módulo: 350 euros Profesorado:
Programa del módulo: Lunes, 3 de Julio: Introducción a las técnicas de secuenciación masiva y la epidemiología molecular. - 09:00 - 10:00 Bienvenida e introducción a las aplicaciones de la HTS. Epidemiología molecular. FGC - 10:00 - 11:00 Introducción a las técnicas HTS: Aplicaciones, metodologías y criterios. NGG Descanso - 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Introducción a las máquinas virtuales y la Bioinformática. NGG, CVM Martes, 4 de Julio: Caracterización preliminar de aislados. - 09:00 - 11:00. Ficheros de lecturas de HTS. Calidad, filtrado e identificación de genes. IC Descanso - 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Manejo de ficheros de lecturas. Calidad, filtrado y análisis. IC, ASS Miércoles, 5 de Julio: Mapeo, análisis de variantes y comparación entre aislados. - 09:00 - 11:00 Mapeo: búsqueda de referencia y mapeo. NGG Descanso - 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Mapeo y variantes. Filtrado y alineamiento múltiple. NGG, ASS Jueves, 6 de Julio: Caracterización detallada de aislados. Análisis de ensamblados mediante plataformas Web. - 09:00 - 11:00 Ensamblado, anotación y core genómico. Plataformas web de análisis. LSB Descanso - 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Ensamblado de lecturas, anotación, uso de herramientas Web. ASS, IC Viernes, 7 de Julio: Estudio de brotes mediante árboles filogenéticos. - 09:00 - 11:00 Fundamentos de reconstrucción filogenética. Estudio de brotes. FGC Descanso - 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Árboles filogenéticos. Interpretación en el estudio de brotes. FGC, CVM | |||||||