Módulo 2/  Análisis de genomas en el laboratorio de Microbiología Clínica

Fechas: 14 a 18 de junio de 2021

Organizador: Prof. Fernando González-Candelas (fernando.gonzalez@uv.es)

Este curso se dirige a estudiantes graduados, profesionales y practicantes de la biología, la investigación biomédica y ciencias de la salud y, muy especialmente, a profesionales en el ámbito de la Microbiología Clínica. Se asume cierta familiaridad con la biología molecular y la microbiología y, aunque no es imprescindible, con la evolución molecular y la filogenética. En el curso se introducen los conceptos y métodos bioinformáticos y de laboratorio aplicados a la caracterización genómica de microorganismos infecciosos, especialmente bacterias. Nos centraremos en los métodos y técnicas de secuenciación masiva (HTS, del inglés High Throughput Sequencing) y en su aplicación a problemas clínicos y epidemiológicos.

El curso consistirá en clases teóricas y sesiones prácticas interactivas, con un énfasis en los conceptos básicos y sus aplicaciones. En esta edición, el curso se desarrollará de forma completamente virtual, a través de la plataforma Microsoft Teams. Es posible que los asistentes analicen sus propios datos, siempre que el volumen de los mismos lo permita con los recursos computacionales disponibles.

 

 

REGISTRATION

Precio del módulo: 262'5 euros (Ya no quedan plazas disponibles para este módulo)

 

Profesorado:

FGC-Fernando González-Candelas, PhD Investigador senior de FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud y Catedrático de Genética de la Universidad de Valencia fernando.gonzalez@uv.es	LSB - Leonor Sánchez Busó, PHD Investigadora de FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud sanchez_leobus@gva.es	CVM – Carlos Valiente Mullor, MSc en Bioinformática Estudiante de doctorado en Univ. Valencia- FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud carlos.valiente@uv.es
BB-Beatriz Beamud Aranguren, MSc en Bioinformática Estudiante de doctorado en Univ. Valencia- FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud (beatriz.beamud@uv.es)	NGG-Neris García González, MSc en Bioinformática Estudiante de doctorado en Univ. Valencia- FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud (neris@uv.es)

Programa del módulo - Summer School 2021:

Lunes, 14 de Junio: Introducción a las técnicas de secuenciación masiva y la epidemiología molecular.

09:00 - 10:00 Bienvenida e introducción a las aplicaciones de la HTS. Epidemiología molecular.

10:00 - 11:00 Introducción a las técnicas HTS: Aplicaciones, metodologías y criterios.

Descanso

11:30 - 14:30 Sesión práctica: Introducción a las máquinas virtuales y la Bioinformática.

Martes, 15 de Junio: Caracterización preliminar de aislados.

09:00 - 11:00. Ficheros de lecturas de HTS. Calidad, filtrado e identificación de genes.

Descanso

11:30 - 14:30 Sesión práctica: Manejo de ficheros de lecturas. Calidad, filtrado y análisis.

Miércoles, 16 de Junio: Caracterización detallada de aislados. Análisis de ensamblados mediante plataformas Web.

09:00 - 11:00 Ensamblado, anotación y core genómico. Plataformas web de análisis.

Descanso

11:30 - 14:30 Sesión práctica: Ensamblado de lecturas, anotación, uso de herramientas Web.

Jueves, 17 de Junio: Mapeo, análisis de variantes y comparación entre aislados.

09:00 - 11:00 Mapeo: búsqueda de referencia y mapeo.

Descanso

11:30 - 14:30 Sesión práctica: Mapeo y variantes. Filtrado y alineamiento múltiple.

Viernes, 18 de Junio: Estudio de brotes mediante árboles filogenéticos.

09:00 - 11:00 Fundamentos de reconstrucción filogenética. Estudio de brotes.

Descanso

11:30 - 14:30 Sesión práctica: Árboles filogenéticos. Interpretación en el estudio de brotes.