Contact

 

 

Summer School Director: 
M. Pilar Francino
 
Summer School Administrator:
Kevin Cifuentes
Telf.: 961 925 911

 

 
 
 
 
 

 

SUMMER SCHOOL - Module 2
 

 


Módulo 2/  Análisis de genomas en el laboratorio de Microbiología Clínica

Fechas: 6 a 10 de junio de 2022

Organizador: Prof. Fernando González-Candelas (fernando.gonzalez@uv.es)

Este curso se dirige a estudiantes graduados, profesionales y practicantes de la biología, la investigación biomédica y ciencias de la salud y, muy especialmente, a profesionales en el ámbito de la Microbiología Clínica. Se asume cierta familiaridad con la biología molecular y la microbiología y, aunque no es imprescindible, con la evolución molecular y la filogenética. En el curso se introducen los conceptos y métodos bioinformáticos y de laboratorio aplicados a la caracterización genómica de microorganismos infecciosos, especialmente bacterias. Nos centraremos en los métodos y técnicas de secuenciación masiva (HTS, del inglés High Throughput Sequencing) y en su aplicación a problemas clínicos y epidemiológicos.

El curso consistirá en clases teóricas y sesiones prácticas interactivas, con un énfasis en los conceptos básicos y sus aplicaciones. En esta edición, el curso se desarrollará de forma completamente híbrida, presencial en la sede de FISABIO-Salud Pública (Av. Cataluña, 21- Valencia), y telemática, a través de la plataforma Microsoft Teams. Es posible que los asistentes analicen sus propios datos, siempre que el volumen de los mismos lo permita con los recursos computacionales disponibles.

 

REGISTRATION

Precio del módulo: 350 euros 

 

Profesorado:

FGC-Fernando González-Candelas, PhD

Investigador senior de FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud y Catedrático de Genética de la Universidad de Valencia

fernando.gonzalez@uv.es

LSB - Leonor Sánchez Busó, PHD

Investigadora de FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud

sanchez_leobus@gva.es

 

 

 

 

CVM – Carlos Valiente Mullor, MSc en Bioinformática

Estudiante de doctorado en Univ. Valencia- FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud

carlos.valiente@uv.es

BB-Beatriz Beamud Aranguren, MSc en Bioinformática

Estudiante de doctorado en Univ. Valencia- FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud

(beatriz.beamud@uv.es)

NGG-Neris García González, MSc en Bioinformática

Estudiante de doctorado en Univ. Valencia- FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud

(neris@uv.es)

 


Programa del módulo - Summer School 2021:

Lunes, 6 de Junio: Introducción a las técnicas de secuenciación masiva y la epidemiología molecular.

- 09:00 - 10:00 Bienvenida e introducción a las aplicaciones de la HTS. Epidemiología molecular. FGC
- 10:00 - 11:00 Introducción a las técnicas HTS: Aplicaciones, metodologías y criterios. NGG

Descanso

- 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Introducción a las máquinas virtuales y la Bioinformática. CVM, FGC

Martes, 7 de Junio: Caracterización preliminar de aislados.

- 09:00 - 11:00. Ficheros de lecturas de HTS. Calidad, filtrado e identificación de genes. BB

Descanso

- 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Manejo de ficheros de lecturas. Calidad, filtrado y análisis. BB, LSB

Miércoles, 8 de Junio: Caracterización detallada de aislados. Análisis de ensamblados mediante plataformas Web.

- 09:00 - 11:00 Ensamblado, anotación y core genómico. Plataformas web de análisis. LSB

Descanso

- 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Ensamblado de lecturas, anotación, uso de herramientas Web. LSB, NGG

Jueves, 9 de Junio: Mapeo, análisis de variantes y comparación entre aislados.

- 09:00 - 11:00 Mapeo: búsqueda de referencia y mapeo. NGG

Descanso

- 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Mapeo y variantes. Filtrado y alineamiento múltiple. NGG, CVM

Viernes, 10 de Junio: Estudio de brotes mediante árboles filogenéticos.

- 09:00 - 11:00 Fundamentos de reconstrucción filogenética. Estudio de brotes. FGC

Descanso

- 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Árboles filogenéticos. Interpretación en el estudio de brotes. FGC, CVM


 


 

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