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Summer School Director: 
M. Pilar Francino
 
Summer School Administrator:
Kevin Cifuentes
Telf.: 961 925 911

 

 
 

SUMMER SCHOOL - Module 5

 

 

 

 


Módulo 5/ Análisis de secuencias de SARS-CoV-2 para la vigilancia genómica

Fechas: 5 a 9 de julio de 2021

Organizador: Prof. Fernando González-Candelas

La vigilancia genómica del coronavirus SARS-CoV-2 se ha convertido en una de las herramientas fundamentales para el control de la aparición, extensión y posibles efectos de las mutaciones y variantes que se presentan en cualquier población. Atendiendo las recomendaciones de la OMS y el ECDC, el Ministerio de Sanidad ha incorporado un protocolo de vigilancia del que se hacen cargo las CC.AA. quienes, a su vez, lo trasladan mayoritariamente a los servicios de Microbiología clínica de distintos hospitales. Sin embargo, desde el principio de la pandemia, a través del consorcio SeqCOVID-España nuestro país ha realizado estudios de vigilancia mediante la secuenciación del genoma completo del virus que, en esencia, corresponden con las necesidades planteadas ahora.

En este curso, se muestran y ponen en práctica los procedimientos de análisis de la información genómica obtenida mediante técnicas de secuenciación masiva (HTS) que ahora están al alcance de muchos laboratorios clínicos. Aunque centrado en el coronavirus, muchos de estos procedimientos son aplicables a otras muestras analizadas mediante HTS, por lo que su utilidad se extiende a otros estudios que cabe prever que se extiendan a otros virus patógenos.

 

REGISTRATION

Module costs: 262,5 euros

Instructors:

 

FGC-Prof. Fernando González-Candelas

Catedrático de Genética. Investigador de FISABIO-Salud Pública y del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas, I2SysBio (CSIC-UV).

fernando.gonzalez@uv.es

 

IC-Dr. Iñaki Comas.

Investigador Científico del Instituto de Biomedicina de Valencia (CSIC). Responsable de SeqCOVID-Spain.

 

MC-Dra. Mireia Coscollá

Investigadora del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas, I2SysBio (CSIC-UV).

GdA-Dr. Giuseppe D’Auria

Responsable de la Plataforma de Bioinformática. FISABIO.

giuseppe.dauria@uv.es

AC-Dr. Álvaro Chiner Oms

Investigador postdoctoral del Instituto de Biomedicina de Valencia (CSIC). Responsable de SeqCOVID-Spain.

SJ, Santiago Jiménez

Técnico informático del Instituto de Biomedicina de Valencia (CSIC) y de SeqCOVID-Spain.




Programa:

Lunes, 5 Julio: Introducción y Metodologías

09:00 – 10:00 Bienvenida e introducción a la epidemiología genómica. FGC.

10.00 - 11:00 Introducción a las técnicas de HTS para SARS-CoV-2.

11:30 - 13:30 Sesión práctica: Introducción a la Bioinformática. Instalación de Máquinas Virtuales.

Martes, 6 Julio: De los datos en bruto a las lecturas

09:00 - 10:00. HTS ficheros de lecturas. Análisis de lecturas. Calidad, filtrado.

10:30 - 13:30 Sesión práctica:

Miércoles, 7 Julio: De las lecturas a las secuencias

09:00 - 10:00 Mapeo, posiciones variables, calidad de la secuenciación, secuencia consenso.

10:30 - 13:30 Sesión práctica:

Jueves, 8 Julio: Asignación de linajes y mutaciones de interés

09:00 - 10:00 Asignacion de linajes, mutaciones, informes. NextStrain, MicroReact.

10:30 - 13:30 Sesión práctica:

Viernes, 9 Julio: Reconstrucción de filogenias

09:00 - 10:00 Vigilancia genómica del SARS-COV-2 en España. 

10:30 - 13:30 - 12:00 Sesión práctica: Árboles filogenéticos, análisis de linajes.
 


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